| 5.01
Clark viene trasportato nella Fortezza della Solitudine e deve scegliere tra salvare la Terra o Chloe ormai prossima all'assideramento. Jor-El permette a Clark di salvare l'amica ma dovrà essere di ritorno prima del calare del sole. Lana affronta Nam-Ek e Aethyr, due alieni kryptoniani che sono emersi dalla nave e che ora stanno seminando morte e distruzione nella loro ricerca di Kal-El.
5.02
Tre individui pericolosi fuggono da Belle Reve con l'obiettivo di costringere Clark a rubare un siero custodito nel misterioso "Livello 3" della LuthorCorp. Per questo prendono in ostaggio Lana e i genitori di Clark. Sebbene privato dei suoi poteri, Clark riesce a mettere fuori combattimento gli avversari e a scoprire che l'intera faccenda è stata orchestrata da Lex per scoprire la verità sulle sue origini.
5.03
Clark e Lana passano la notte insieme ma vengono sorpresi dai genitori di lui. Gabriel, un ragazzo che lavorava al Torch, si è impadronito di un sito missilistico e ha intenzione di lanciare una testata atomica su Smallville per uccidere tutti i mutanti da meteorite. Gabriel uccide Clark, ma Jor-El riesce a riportarlo in vita avvertendolo di un prezzo terribile: la vita che gli è stata donata verrà presto tolta a qualcun altro. Clark alla fine riesce a fermare il missile.
5.04
Un misterioso nuotatore di nome AC salva Lois dall'annegamento. Clark nutre dei sospetti e indaga su di lui. Scopre che il ragazzo è venuto a Smallville per impedire a Lex di mettere a punto un'arma sottomarina, il Leviatano, un sonar potentissimo che potrebbe sterminare la fauna marina di una vasta area. AC, che ricava i suoi poteri dall'acqua, è deciso a proteggere il mare dalla minaccia.
5.05
La direttrice del "Daily Planet" sfida Chloe a portarle una storia che valga la pubblicazione. Lana è stata accettata dall'università di Metropolis ed entra in una associazione studentesca. Le ragazze che ne fanno parte sono a tutti gli effetti dei vampiri. Con l'aiuto di Fine, Clark e Chloe scoprono che le vampire sono state contagiate da una forma di rabbia di cui è a conoscenza la LuthorCorp.
5.06
Chloe e Lois indagano sulla morte di una ragazza che aveva alcune importanti rivelazioni da fare. Lois, che si è spacciata per una ballerina di lap dance, viene comprata dal figlio senza scrupoli di un diplomatico. Clark indaga per scoprire chi sta infangando la reputazione del senatore Jake Jennings, ma scopre che le insinuazioni sul politico non sono inventate. Jonathan affronta così il suo amico.
5.07
Lana riceve un pacco con dentro un frammento di meteorite d'argento. Dopo averlo preso in mano, Clark si graffia e questo gli provoca una serie di illusioni paranoiche che lo inducono a credere che tutti si siano messi contro di lui. A correre in soccorso di Clark è il professor Fine che si rivela essere un alieno proveniente da Krypton. Lex mostra a Lana la nave spaziale dentro l'hangar.
5.08
Dopo uno svenimento, Martha comincia a sentirsi molto male e sul suo corpo compaiono delle strane macchie. Fine cerca di convincere Clark che Jor-El è il responsabile di quanto sta accadendo alla signora Kent e l'unico modo per salvarla è distruggere la Fortezza della Solitudine. Tuttavia, quando Clark e Fine arrivano alla Fortezza, il professore tenta di liberare Zod ed uccidere Clark.
5.09
Lex riceve alcune informazioni che potrebbero distruggere la vita di Jonathan Kent. Ora deve decidere se usarle o meno. Prima di poter agire in un senso o nell'altro, il ragazzo viene ferito durante un tentativo di rapina e si ritrova a vivere due vite parallele. Sarà lui stesso a scegliere quale delle due esistenze sia quella più adatta.
5.10
Jonathan viene aggredito da un gruppo di fanatici sostenitori di Lex, i quali sono decisi a tutto pur di condurre il loro candidato alla vittoria. Samantha decide di uccidere Jonathan durante un comizio, ma non ha fatto i conti con Lois. Clark confida a Chloe la natura dei suoi problemi con Lana dopo che ha riacquistato i poteri. Lang sta conducendo alcune ricerche sulle piogge di meteoriti.
5.11
Flynn, l'unico poliziotto sopravvissuto della squadra sterminata dai kryptoniani, irrompe nella villa di Lex per farsi condurre all'astronave. Prende in ostaggio Lana, la quale accetta di accompagnarlo all'hangar dove è nascosto il vascello, nonostante Lex le abbia detto che è sparito da diverso tempo. Jonathan scopre che i nuovi fondi per la sua campagna elettorale provengono da Lionel Luthor.
5.12
Centesimo episodio. Dopo averle finalmente rivelato il suo segreto, Clark chiede a Lana di sposarlo e la ragazza accetta. La sera stessa, mentre viene eletto il nuovo senatore, Lana muore in un incidente stradale. Clark supplica Jor-El di aiutarlo a salvare la ragazza e torna indietro nel tempo. Ma la tragedia è dietro l'angolo: in seguito ad un violento litigio con Lionel, Jonathan Kent muore.
5.13
Una ragazza di nome Andrea, sottoposta ad un trapianto di cuore, ha ricevuto l'organo da una delle vittime della recente pioggia di meteoriti. Ora la giovane lavora per il Daily Planet, mentre di notte lotta per il bene come una sorta di angelo vendicatore. Sta cercando la persona che, durante un'aggressione, ha ucciso sua madre. Il caso vuole che costui abbia derubato anche Martha Kent.
5.14
Chloe viene posseduta dallo spirito di Gretchen, una ragazza uccisa 10 anni prima da un serial killer. Ma quest'ultimo, un portantino dell'ospedale di Smallville, fa prigioniera Lois e la stessa Chloe che era corsa in aiuto della cugina. Clark riesce a fermare lo psicopatico consentendo a Gretchen di avere la sua vendetta. Martha vorrebbe prendere il posto del marito Jonathan al Senato.
5.15
Il giovane Victor Stone viene salvato dalle conseguenze di un incidente stradale ed usato come cavia per il Progetto Macchina, la costruzione di un individuo per metà umano e per metà automa. Clark aiuta Victor a ricongiungersi con la sua fidanzata. Intanto, Martha è ricattata da un personaggio misterioso che ha un filmato in cui si vede Clark passare indenne nell'esplosione dell'hangar di Lex.
5.16
Clark viene ipnotizzato da Simone, una donna assunta da Lex per far separare il ragazzo da Lana. Clark perde il controllo delle sue azioni e viene sorpreso da Lana mentre fa l'amore con Simone. Ma Chloe e Lois scoprono l'inganno. Clark mente a Lana dicendole di non amarla più. Lex raggiunge Fine in Honduras, dove il professore gli fa credere di stare conducendo delle indagini sugli alieni.
5.17
Uno studente di medicina sta conducendo alcuni esperimenti su di un siero che, se inoculato, consente di incontrare le persone amate che sono morte. Lana si rivolge al ragazzo per poter vedere i suoi genitori, ma l'uso frequente del siero potrebbe ucciderla. Dopo la morte di un'altra ragazza, sia Lex che Clark corrono in aiuto di Lana. Ad entrambi viene però iniettato il siero. Clark, prima di ritornare in vita, incontra lo spirito di suo padre, che lo avverte di non fidarsi di Lionel Luthor.
5.18
Clark stringe amicizia con una bambina che possiede la straordinaria abilità di frantumare il vetro con la forza del pensiero. Lois sospetta che la piccola sia la responsabile della morte della donna che l'aveva in affidamento. Maddie viene rapita dal padre naturale che ha gli stessi poteri della piccola e non ha esitato ad usarli per uccidere. Lex e Lana si avvicinano come non mai e Chloe li sorprende.
5.19
Un uomo in cerca di vendetta prende in ostaggio Lionel e Martha e li costringe ad affrontare una serie di prove sempre più difficili per salvarsi la vita. Allarmati dalla scomparsa dei rispettivi genitori, Clark e Lex si mettono sulle loro tracce. In un drammatico finale, Lionel si dichiara disposto a dare la sua vita per salvare quella di Martha. Clark affronta l'uomo e gli intima di stare lontano da sua madre.
5.20
Clark salva la vita di un uomo che in seguito vorrebbe ripagare la gentilezza del giovane Kent. Sfortunatamente, si tratta di un famigerato killer che si fa chiamare il Camaleonte. Ora l'uomo ha deciso di uccidere Lex per consentire a Clark di tornare insieme a Lana. Kent litiga con Chloe, la quale era a conoscenza della relazione fra Lex e Lana ma gli ha volutamente nascosto la verità.
5.21
Clark vede il fantasma di suo padre che gli ordina di uccidere Lionel. In realtà non si tratta di Jonathan, ma di Milton Fine. Lex ha sviluppato un vaccino contro il mortale virus creato da Fine, ma quest'ultimo gli inietta il vaccino insieme ad un'altra sostanza rendendolo così invulnerabile. Clark traduce alcuni scritti kryptoniani di Lionel dai quali si evince che Zod sta per giungere sulla Terra.
5.22
Jor-El avverte Clark dell'imminente arrivo di Zod. L'unico modo per fermarlo è distruggere l'ospite umano in cui Zod si deve incarnare. Si tratta di Lex che, grazie a Brainiac/Fine, ora possiede poteri analoghi a quelli di Clark. Quest'ultimo non vuole uccidere Lex e preferisce pugnalare Fine. Questo gesto apre il portale della dimensione fantasma che permette a Zod di impadronirsi del corpo di Lex e spedire Clark nella prigione dimensionale.
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